Για τη λήψη του Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης στη Διοίκηση Επιχειρήσεων Τροφίμων απαιτείται η εκπόνηση και η συγγραφή διπλωματικής εργασίας. Η επιλογή του θέματος γίνεται μετά από συνεννόηση με το διδάσκοντα που αναλαμβάνει την επίβλεψη της μεταπτυχιακής εργασίας. Το θέμα της εργασίας είναι συναφές με το περιεχόμενο του μεταπτυχιακού προγράμματος και μπορεί να αφορά είτε ερευνητική είτε συνθετική προσέγγιση. Η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία εκπονείται από τους μεταπτυχιακούς φοιτητές και τις μεταπτυχιακές φοιτήτριες κατά τη διάρκεια του 4ου εξαμήνου σπουδών και γίνεται υπό την επίβλεψη τριμελούς επιτροπής, στην οποία συμμετέχουν ο επιβλέπων καθηγητής και άλλα δύο μέλη από τους διδάσκοντες του Τμήματος Διοίκησης Επιχειρήσεων Αγροτικών Προϊόντων και Τροφίμων. Απαραίτητη προϋπόθεση για την ανάληψη μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας  είναι η επιτυχής παρακολούθηση 12 μαθημάτων. Η δήλωση του θέματος της μεταπτυχιακής εργασίας γίνεται σε ειδικό έντυπο που διανέμεται από τη Γραμματεία του Τμήματος Διοίκησης Επιχειρήσεων Αγροτικών Προϊόντων και Τροφίμων.

Μετά το πέρας της συγγραφής της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας ο υποψήφιος παραδίδει αντίτυπο της εργασίας σε κάθε ένα από τα μέλη της Τριμελούς Επιτροπής. Αν η Τριμελής Επιτροπή κρίνει πως η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία είναι πρωτότυπη και ολοκληρωμένη τότε ο υποψήφιος καλείται για τη δημόσια υποστήριξη της εργασίας. Η τελική αξιολόγηση της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας γίνεται από την Τριμελή Επιτροπή. Έπειτα, η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία κατατίθεται σε έντυπη και ηλεκτρονική μορφή στη Γραμματεία και στη Βιβλιοθήκη του Τμήματος Διοίκησης Επιχειρήσεων Αγροτικών Προϊόντων και Τροφίμων.